La prima struttura contemporanea alla costruzione del convento francescano avvenuta dal 1220 al 1230, convento ormai quasi distrutto. Essa edificata su una preesistente chiesa rupestre dedicata ai Ss. Pietro e Paolo. Nel corso del Cinquecento arricchita con alcune cappelle laterali. L'attuale costruzione, in stile tardo-barocco, sorge nel 1670 e subisce un rifacimento negli anni 1751-56.
La facciata tardo-barocca è divisa, nella parte inferiore, da quattro paraste (pilastri appiattiti che fuoriescono dalla parete) sormontate da un fastigio con al centro l'edicola contenente la statua dell’ Immacolata. Altre due statue, dei Ss. Francesco e Antonio, sono collocate al culmine delle paraste laterali.
L'ingresso principale è sormontato da vetrina e due finestre laterali sopra le quali si sviluppa il fastigio di cui si è detto.
S. Francesco e S. Antonio, XVII secolo.
Le due statue sono collocate al culmine delle paraste laterali della facciata.
La chiesa, costruita tra il 1220 e il 1230, subì ampliamenti e rifacimenti a partire dal Cinquecento. L'interno ha una navata centrale; ad essa vennero aggiunte una navatella a sinistra e una nave minore a destra. La navatella ampliò la chiesa nei secoli XV e XVI, la nave minore fu realizzata a partire dal 1582. Successivamente entrambe vengono ripartite in cappelle, come le vediamo oggi.
L'intera chiesa non si sottrae ai furori innovativi del barocco: grazie al mecenatismo di mons. Vincenzo Lanfranchi (1665-1675), nel Seicento vengono restaurati il soffitto ligneo a lacunari e alcuni altari.
Dal 1751 al '56 si eseguono le decorazioni a stucco che incorniciano i riquadri, coprono i pilastri e gli intradossi delle arcate, le quali si susseguono fino all'arco trionfale a sesto acuto.
Oltre l'arco, nell'abside, collocata la cantoria lignea ornata con pannelli provenienti da un polittico attribuito a Lazzaro Bastiani, pittore vissuto tra il 1430 e il 1512.
Ignoto, S. Francesco riceve le stimmate, tela, XVII secolo, particolare, prima cappella sinistra.
Ignoto, Trinità e Deposizione, tela, XVI secolo, seconda cappella a sinistra.
I due dipinti facevano un corpo solo e sono stati divisi per adattare il margine superiore della Deposizione alla cornice barocca. E' di un ignoto pittore materano della seconda metà del Cinquecento che opera in contatto con i Persio, scultori e pittori operanti in città. Egli si mostra in sincronia con le divulgazioni devozionali dei temi cari alla Controriforma.
Il quadro notevole per la "carica espressionistica e l'insistenza grafica che fa descrivere minuziosamente i riccioli dei capelli, le venature delle mani, i tendini rilevati, la perlinatura delle ferite" (Grelle).
Lazzaro Bastiani (?) , Vergine in trono con Bambino, dipinto su tavola, XVI secolo, abside.
La tavola fa parte di un polittico smembrato ed ora collocata sul lato esterno della cantoria posta nell'abside.
Lazzaro Bastiani (?), Santi, dipinto su tavola, XVI secolo, abside.
Le tavole fanno parte di un polittico smembrato ed ora inserite nella cantoria collocata nell'abside. Nel panello di destra si distinguono S. Francesco e S. Pietro, una Santa e S. Ludovico da Tolosa.
Lazzaro Bastiani (?), S. Francesco, dipinto su tavola, XV secolo, abside.
La tavola fa parte di un polittico smembrato ed ora collocata sul lato esterno della cantoria situata nell'abside.
Lazzaro Bastiani (?), S. Antonio da Padova, dipinto su tavola, XVI secolo, abside.
La tavola fa parte di un polittico smembrato ed ora collocata sul lato esterno della cantoria posta nell'abside.